Berbicara masalah pendidikan, tidak lepas dari sebuah problem, sebagai contoh MA, terutama dari sisi institusi (kelembagaan). Diantara problem institusi MA di Indonesia adalah kurangnya tenaga guru, tidak jelasnya status guru, tidak layaknya kualifikasi guru, tidak layaknya ruang kelas, dan tidak adanya keseimbangan dana oendidikan antara pendidikan agama dan pendidikan umum.